Peningkatan beragam aktivitas masyarakat di sepanjang Sungai Sambas Kecil berpotensi menyebabkan pencemaran. Penelitian ini bertujuan untuk menghitung beban pencemar dan daya tampung beban pencemar Sungai Sambas Kecil melalui inventarisasi sumber pencemar dan analisa kualitas air. Inventarisasi sumber pencemar dilakukan pada jarak 500 m dari tepian sungai dan pengambilan contoh uji kualitas air dengan parameter pH, Temperatur, BOD, COD, TSS dan total Coliform. Potensi beban pencemar dihitung menggunakan faktor emisi sedangkan untuk mengetahui status mutu air digunakan metode IP yang mengacu pada PP No. 82 Tahun 2001 untuk Kelas II. Berdasarkan hasil inventarisasi, sumber pencemar yang berada di tepian sungai Sambas Kecil yaitu pemukiman, pasar, peternakan ayam, hotel dan rumah sakit. Potensi beban pencemar yang masuk ke dalam Sungai Sambas Kecil yaitu BOD 665,7 kg/hari, COD 916,1 kg/hari dan TSS 631,6 kg/hari. Status mutu air Sungai Sambas Kecil secara keseluruhan dalam kondisi baik untuk baku mutu air kelas II. Namun pada bagian hilir Sungai Subah dan hulu Sungai Teberau mengalami cemar ringan. Sungai Sambas Kecil masih memiliki daya tampung untuk parameter BOD dan TSS. Sedangkan untuk parameter COD, daya tampung sudah terlampaui yaitu sebesar -57.214,51 kg/hari dan -9.167,56 kg/hari sehingga tidak memungkinkan lagi untuk menerima beban pencemar COD.